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Résumé :
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Le SARS-CoV-2 est un virus enveloppé dont le génome est constitué d’ARN simple brin, de polarité positive d’environ 30 000 nucléotides. La protéine S (Spike) de surface se lie au récepteur cellulaire ACE2 qui est exprimé dans de nombreux tissus. Elle comprend deux sous-unités, S1 et S2, S1 contenant la région N-terminale (NTD) et le domaine de liaison au récepteur (RBD, receptor binding domain). Les mutations adaptatives du SARS-CoV-2 concernent principalement la protéine Spike et plus particulièrement les domaines RBD et NTD. Plusieurs de ces mutations ont été sélectionnées dans des lignages viraux indépendants ayant émergé dans différentes régions du globe. Ce phénomène est appelé convergence évolutive. Aujourd’hui, le variant Delta (δ) est progressivement remplacé par Omicron en France et dans le monde. Le variant Omicron B.1.1529, porteur d’une trentaine de mutations dans Spike, est détecté dès début novembre en Afrique du Sud, et au Botswana et se répand progressivement dans le reste du monde. D’autre part, le variant B.1.640 identifié au début du mois d’octobre en Bretagne et en Île-de-France est également détecté de manière sporadique. La circulation continue du SARS-CoV-2 dans le monde, en particulier dans les pays où la vaccination n’est pas suffisamment étendue, fera inévitablement le lit de nouveaux variants nécessitant de renforcer la surveillance génotypique et phénotypique des virus circulants dans le monde. (Source éditeur)
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